Measurement date December 15, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-09
Digitized points 47 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers, 9 Stimulus, 2 EOG, 1 ECG, 2 misc
Bad channels None
EOG channels EOG061, EOG062
ECG channels ECG063
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-09_task-localizer_proc-filt_raw.fif
Duration 00:04:30 (HH:MM:SS)
PSD
Measurement date December 15, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-emptyroom
Digitized points 47 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers
Bad channels None
EOG channels Not available
ECG channels Not available
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-09_task-noise_proc-filt_raw.fif
Duration 00:01:11 (HH:MM:SS)
PSD
Events
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline off
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
1 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
2 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
3 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
4 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
5 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
6 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
7 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
8 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
9 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
10 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
11 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
12 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
13 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
14 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
15 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
16 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
17 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
18 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
19 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
20 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
21 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
22 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
23 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
24 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
25 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
26 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
27 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
28 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
29 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
30 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
31 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
32 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
33 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
34 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
35 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
36 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
37 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
38 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
39 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
40 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
41 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
42 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
43 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
44 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
45 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
46 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
47 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
48 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
49 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
50 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
51 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
52 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
53 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
54 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
55 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
56 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
57 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
58 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
59 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
60 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
61 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
62 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
63 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
64 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
65 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
66 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
67 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
68 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
69 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
70 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
71 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
72 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
73 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
74 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
75 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
76 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
77 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
78 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
79 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
80 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
81 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
82 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
83 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
84 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
85 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
86 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
87 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
88 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
89 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
90 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
91 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
92 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
93 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
94 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
95 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
96 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
97 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
98 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
99 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
100 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
101 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
102 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
103 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
104 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
105 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
106 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
107 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
108 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
109 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
110 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
111 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
112 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
113 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
114 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
115 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
116 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
117 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
118 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
119 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Method picard
Fit 386 iterations on epochs (36120 samples)
ICA components 54
Explained variance 99.0 %
Available PCA components 306
Channel types mag, grad
ICA components marked for exclusion ICA000
ICA001
ICA018
ICA021
Original and cleaned signal
ICA component topographies
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline -0.200 – 0.000 sec
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
1 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
2 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
3 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
4 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
5 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
6 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
7 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
8 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
9 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
10 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
11 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
12 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
13 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
14 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
15 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
16 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
17 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
18 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
19 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
20 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
21 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
22 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
23 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
24 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
25 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
26 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
27 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
28 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
29 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
30 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
31 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
32 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
33 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
34 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
35 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
36 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
37 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
38 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
39 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
40 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
41 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
42 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
43 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
44 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
45 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
46 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
47 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
48 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
49 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
50 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
51 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
52 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
53 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
54 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
55 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
56 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
57 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
58 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
59 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
60 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
61 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
62 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
63 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
64 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
65 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
66 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
67 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
68 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
69 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
70 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
71 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
72 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
73 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
74 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
75 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
76 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
77 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
78 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
79 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
80 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
81 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
82 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
83 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
84 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
85 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
86 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
87 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
88 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
89 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
90 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
91 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
92 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
93 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
94 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
95 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
96 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
97 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
98 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
99 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
100 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
101 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
102 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
103 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
104 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
105 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
106 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
107 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
108 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
109 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
110 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
111 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
112 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
113 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
114 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
115 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
116 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
117 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
118 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
119 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Full-epochs Decoding
Each black dot represents the single cross-validation score. The red cross is the mean of all cross-validation scores. The dashed line is expected chance performance.
Decoding performance over time
Time-by-time decoding: 60 × incoherent ./. 60 × coherent
Sensor alignment
Average distance from 38 digitized points to head: 1.32 mm
Covariance matrix
Singular values
  """
hMT+ Localizer
"""
from mne_bids import get_entity_vals

study_name = 'ds003392'
bids_root = f'/storage/store2/data/{study_name}'
deriv_root = f'/storage/store2/derivatives/{study_name}/mne-bids-pipeline/'
subjects_dir = f'{bids_root}/derivatives/freesurfer/subjects'

# subjects = "all"
subjects = sorted(get_entity_vals(bids_root, entity_key='subject'))
exclude_subjects = ["06"]  # projs were applied during acquisition...
# subjects = sorted(list(set(subjects) - set(exclude_subjects)))
# subjects = ['01']
N_JOBS = len(subjects)
# N_JOBS = 1

task = 'localizer'
find_flat_channels_meg = True
find_noisy_channels_meg = True
use_maxwell_filter = True
ch_types = ['meg']

l_freq = 1.
h_freq = 40.
resample_sfreq = 250

# Artifact correction.
spatial_filter = 'ica'
ica_max_iterations = 500
ica_l_freq = 1.
ica_n_components = 0.99
ica_reject_components = 'auto'

# Epochs
epochs_tmin = -0.2
epochs_tmax = 1.0
baseline = (None, 0)

# Conditions / events to consider when epoching
conditions = ['coherent', 'incoherent']

# Decoding
decode = True
contrasts = [('incoherent', 'coherent')]

# Noise estimation
process_er = True
noise_cov = 'emptyroom'

on_error = "debug"

  Platform:         Linux-4.15.0-136-generic-x86_64-with-glibc2.27
Python:           3.9.9 | packaged by conda-forge | (main, Dec 20 2021, 02:41:03)  [GCC 9.4.0]
Executable:       /data/parietal/store/work/agramfor/mambaforge/bin/python3.9
CPU:              x86_64: 88 cores
Memory:           503.8 GB

mne:              1.1.1
numpy:            1.21.6 {blas=NO_ATLAS_INFO, lapack=lapack}
scipy:            1.8.1
matplotlib:       3.4.3 {backend=agg}

sklearn:          0.24.2
numba:            0.55.1
nibabel:          3.2.1
nilearn:          Not found
dipy:             Not found
cupy:             Not found
pandas:           1.3.3
pyvista:          0.32.1 {OpenGL 3.3 (Core Profile) Mesa 20.0.8 via llvmpipe (LLVM 10.0.0, 256 bits)}
pyvistaqt:        0.5.0
ipyvtklink:       Not found
vtk:              9.1.0
qtpy:             1.11.2 {PyQt5=5.12.9}
ipympl:           Not found
pyqtgraph:        Not found
pooch:            v1.6.0

mne_bids:         0.11.dev0
mne_nirs:         Not found
mne_features:     Not found
mne_qt_browser:   Not found
mne_connectivity: Not found
mne_icalabel:     Not found