sub-09, task-localizer

Raw filtered raw run-None

Info raw filtered run-None

Measurement date	December 15, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter	mne_anonymize
Participant	sub-09
Digitized points	47 points
Good channels	204 Gradiometers, 102 Magnetometers, 9 Stimulus, 2 EOG, 1 ECG, 2 misc
Bad channels	None
EOG channels	EOG061, EOG062
ECG channels	ECG063
Sampling frequency	250.00 Hz
Highpass	1.00 Hz
Lowpass	40.00 Hz
Filenames	sub-09_task-localizer_proc-filt_raw.fif
Duration	00:04:30 (HH:MM:SS)

Time series raw filtered run-None

Move slider to change view

PSD raw filtered run-None

Empty-Room empty-room raw

Info raw empty-room

Measurement date	December 15, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter	mne_anonymize
Participant	sub-emptyroom
Digitized points	47 points
Good channels	204 Gradiometers, 102 Magnetometers
Bad channels	None
EOG channels	Not available
ECG channels	Not available
Sampling frequency	250.00 Hz
Highpass	1.00 Hz
Lowpass	40.00 Hz
Filenames	sub-09_task-noise_proc-filt_raw.fif
Duration	00:01:11 (HH:MM:SS)

Time series raw empty-room

Move slider to change view

PSD raw empty-room

Data Quality raw data-quality run-None

Move slider to change view

Events events

Epochs (before cleaning) epochs

Info epochs

Number of events	120
Events	coherent/down: 30 coherent/up: 30 incoherent/down: 30 incoherent/up: 30
Time range	-0.200 – 1.000 sec
Baseline	off

Metadata epochs

Epoch #	event_name	coherent/down	coherent/up	incoherent/down	incoherent/up
0	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
1	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
2	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
3	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
4	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
5	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
6	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
7	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
8	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
9	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
10	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
11	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
12	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
13	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
14	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
15	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
16	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
17	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
18	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
19	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
20	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
21	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
22	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
23	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
24	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
25	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
26	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
27	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
28	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
29	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
30	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
31	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
32	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
33	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
34	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
35	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
36	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
37	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
38	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
39	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
40	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
41	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
42	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
43	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
44	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
45	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
46	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
47	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
48	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
49	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
50	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
51	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
52	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
53	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
54	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
55	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
56	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
57	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
58	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
59	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
60	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
61	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
62	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
63	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
64	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
65	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
66	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
67	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
68	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
69	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
70	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
71	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
72	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
73	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
74	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
75	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
76	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
77	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
78	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
79	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
80	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
81	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
82	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
83	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
84	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
85	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
86	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
87	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
88	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
89	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
90	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
91	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
92	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
93	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
94	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
95	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
96	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
97	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
98	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
99	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
100	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
101	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
102	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
103	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
104	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
105	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
106	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
107	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
108	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
109	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
110	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
111	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
112	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
113	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
114	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
115	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
116	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
117	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
118	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
119	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers) epochs

ERF image (Gradiometers) epochs

Drop log epochs

No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.

PSD epochs

PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).

ICA ica

Info ica

Method	picard
Fit	386 iterations on epochs (36120 samples)
ICA components	54
Explained variance	99.0 %
Available PCA components	306
Channel types	mag, grad
ICA components marked for exclusion	ICA000 ICA001 ICA018 ICA021

Original and cleaned signal ica

ICA component topographies ica

ICA component properties ica

Move slider to change view

Epochs (after cleaning) epochs

Info epochs

Number of events	120
Events	coherent/down: 30 coherent/up: 30 incoherent/down: 30 incoherent/up: 30
Time range	-0.200 – 1.000 sec
Baseline	-0.200 – 0.000 sec

Metadata epochs

Epoch #	event_name	coherent/down	coherent/up	incoherent/down	incoherent/up
0	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
1	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
2	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
3	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
4	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
5	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
6	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
7	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
8	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
9	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
10	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
11	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
12	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
13	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
14	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
15	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
16	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
17	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
18	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
19	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
20	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
21	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
22	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
23	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
24	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
25	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
26	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
27	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
28	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
29	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
30	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
31	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
32	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
33	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
34	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
35	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
36	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
37	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
38	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
39	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
40	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
41	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
42	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
43	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
44	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
45	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
46	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
47	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
48	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
49	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
50	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
51	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
52	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
53	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
54	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
55	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
56	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
57	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
58	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
59	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
60	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
61	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
62	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
63	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
64	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
65	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
66	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
67	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
68	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
69	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
70	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
71	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
72	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
73	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
74	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
75	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
76	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
77	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
78	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
79	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
80	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
81	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
82	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
83	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
84	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
85	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
86	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
87	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
88	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
89	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
90	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
91	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
92	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
93	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
94	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
95	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
96	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
97	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
98	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
99	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
100	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
101	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
102	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
103	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
104	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
105	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
106	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
107	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
108	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
109	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
110	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
111	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
112	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
113	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
114	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
115	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
116	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
117	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
118	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
119	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers) epochs

ERF image (Gradiometers) epochs

Drop log epochs

No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.

PSD epochs

PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).

Condition: coherent coherent evoked

Time course (Magnetometers) evoked coherent

Time course (Gradiometers) evoked coherent

Topographies evoked coherent

Move slider to change view

Global field power evoked coherent

Whitened evoked coherent

Condition: incoherent evoked incoherent

Time course (Magnetometers) evoked incoherent

Time course (Gradiometers) evoked incoherent

Topographies evoked incoherent

Move slider to change view

Global field power evoked incoherent

Whitened evoked incoherent

Contrast: incoherent+coherent contrast evoked incoherent+coherent

Time course (Magnetometers) evoked contrast incoherent+coherent

Time course (Gradiometers) evoked contrast incoherent+coherent

Topographies evoked contrast incoherent+coherent

Move slider to change view

Global field power evoked contrast incoherent+coherent

Whitened evoked contrast incoherent+coherent

Full-epochs Decoding epochs contrast decoding incoherent–coherent

Time-by-time decoding: incoherent ./. coherent contrast decoding epochs incoherent-coherent

Decoding performance over time epochs contrast decoding incoherent-coherent

BEM bem

axial bem

Move slider to change view

sagittal bem

Move slider to change view

coronal bem

Move slider to change view

Sensor alignment coregistration

Noise covariance covariance

Covariance matrix covariance

Singular values covariance

Source: coherent source-estimate coherent

Move slider to change view

Source: incoherent source-estimate incoherent

Move slider to change view

Configuration file configuration

  """
hMT+ Localizer
"""
from mne_bids import get_entity_vals

study_name = 'ds003392'
bids_root = f'/storage/store2/data/{study_name}'
deriv_root = f'/storage/store2/derivatives/{study_name}/mne-bids-pipeline/'
subjects_dir = f'{bids_root}/derivatives/freesurfer/subjects'

# subjects = "all"
subjects = sorted(get_entity_vals(bids_root, entity_key='subject'))
exclude_subjects = ["06"]  # projs were applied during acquisition...
# subjects = sorted(list(set(subjects) - set(exclude_subjects)))
# subjects = ['01']
N_JOBS = len(subjects)
# N_JOBS = 1

task = 'localizer'
find_flat_channels_meg = True
find_noisy_channels_meg = True
use_maxwell_filter = True
ch_types = ['meg']

l_freq = 1.
h_freq = 40.
resample_sfreq = 250

# Artifact correction.
spatial_filter = 'ica'
ica_max_iterations = 500
ica_l_freq = 1.
ica_n_components = 0.99
ica_reject_components = 'auto'

# Epochs
epochs_tmin = -0.2
epochs_tmax = 1.0
baseline = (None, 0)

# Conditions / events to consider when epoching
conditions = ['coherent', 'incoherent']

# Decoding
decode = True
contrasts = [('incoherent', 'coherent')]

# Noise estimation
process_er = True
noise_cov = 'emptyroom'

on_error = "debug"

System information mne-sysinfo

  Platform:         Linux-4.15.0-136-generic-x86_64-with-glibc2.27
Python:           3.9.9 | packaged by conda-forge | (main, Dec 20 2021, 02:41:03)  [GCC 9.4.0]
Executable:       /data/parietal/store/work/agramfor/mambaforge/bin/python3.9
CPU:              x86_64: 88 cores
Memory:           503.8 GB

mne:              1.1.1
numpy:            1.21.6 {blas=NO_ATLAS_INFO, lapack=lapack}
scipy:            1.8.1
matplotlib:       3.4.3 {backend=agg}

sklearn:          0.24.2
numba:            0.55.1
nibabel:          3.2.1
nilearn:          Not found
dipy:             Not found
cupy:             Not found
pandas:           1.3.3
pyvista:          0.32.1 {OpenGL 3.3 (Core Profile) Mesa 20.0.8 via llvmpipe (LLVM 10.0.0, 256 bits)}
pyvistaqt:        0.5.0
ipyvtklink:       Not found
vtk:              9.1.0
qtpy:             1.11.2 {PyQt5=5.12.9}
ipympl:           Not found
pyqtgraph:        Not found
pooch:            v1.6.0

mne_bids:         0.11.dev0
mne_nirs:         Not found
mne_features:     Not found
mne_qt_browser:   Not found
mne_connectivity: Not found
mne_icalabel:     Not found

Table of contents